新生儿单纯疱疹的临床表现常发生在生后1至2周，但也可直到在生后4周才出现症状。感染的标志是皮肤水泡，如果不治疗，在7~10日出现进行性或更严重的疾病。但是高达45%的感染新生儿在初期无皮肤水泡，这些新生儿常有局限化的中枢神经系统疾病。可单独或同时出现的其他感染体征包括体温不稳，嗜睡，肌张力低下，呼吸困难(呼吸暂停或肺炎)，抽搐，肝炎和弥漫性血管内凝血。

　　播散性疾病和内脏器官受累的新生儿有肝炎，肺炎和/或弥漫性血管内凝血,伴或不伴脑炎或皮肤病变。局限性病变的新生儿可再分成二组，第一组为脑病，表现为神经系统体征，脑脊液、淋巴细胞增多和蛋白质含量增高，伴或不伴皮肤，眼睛和口腔病变;第二组仅有皮肤，眼睛和口腔的病变，无中枢神经系统和其他器官病变的证据。

　　新生儿单纯疱疹的临床表现可分为三种类型：

　　1、全身播散型：主为内脏受侵，表现为肝炎(血清转氨酶升高或/和黄疸、肝脾肿大)。肺炎(呼吸困难、紫绀)、弥散性血管内凝血(紫癜、血小板减少、血尿、血便)、心包炎、循环衰竭以及全身中毒症状(精神萎靡、吸乳差、呕吐、腹泻、惊厥、昏迷)等。此型可同时合并疱疹性脑炎，亦可不合并。皮肤、粘膜疱前也同样可有可无。

　　2、中枢神经系统感染型：常表现为脑膜脑炎(昏迷、抽搐、病理反射、视神经乳头水肿、囟门隆起等，脑脊液常呈病毒性感染之改变)。此型可合并皮肤、粘膜疱疹，亦可不合并。

　　3、单纯疱疹型：仅于皮肤、眼睛或口腔等处出现单纯疱疹。疱疹部位有时与分娩时先露部位有关，头位分娩者常在头部，臀位分娩者常在臀部及肛周。病变与成人同，偶可变成脓疱及大疱。皮疹可迅速剥脱而造成诊断困难。

　　三型中以1、2型较为常见，两型可占总数的3/4以上，病死率分另为80%及30%，幸存者也常有遗有严重的中枢神经系统损害和眼睛损害(较少)。